Am besten, Du ziehst Dir für die gemoddete Version den gesamten 0764-Ordner (den eigentlichen Spielordner) an irgendeinen anderen Platz, am besten nicht im offiziellen "Programme..."-Ordner. Aus zwei Gründen: Modinstallationen könnten dort allgemein schiefgehen (Windows-Problem), und 2.: Da BG:EE ein aktiv gewartetes Spiel ist, gibt es immer wieder Updates. Werden diese Updates eingespielt (was bei Stream z.B. automatisch geschieht!), dann wird alles, was nicht zum original BG:EE gehört, weggefegt (soweit ich es sehen kann einschließlich der Modordner). Ich habe daher die Originalinstallation, die gepatcht wird, und eine zweite Installation (die dann natürlich erstmal nicht gepatcht wird) für die Mods.
Ansonsten installierst Du Mods genau wie beim klassischen BG auch: Modordner und die Setup.exe in den Spielordner, Doppelklick auf die .exe. Beim ersten Mal wirst Du gefragt, in welcher Sprache Du BG:EE spielen möchtest, bei dieser Sprache müsstest Du dann bleiben (wenn die Mods dort installiert sind; Wechsel ist zwar wahrscheinlich möglich aber etwas aufwändiger).