Zum Deinstallieren lässt Du einfach die entsprechende setup-modname.exe nochmal laufen und wählst das gewünschte aus. Achtung: immer die letzte Mod in der Liste in der weidu.log zuerst deinstallieren. Sonst kann weidu die Backupdateien nicht vernünftig wieder herstellen und würde von sich aus alle Mods unterhalb erst deinstallieren und dann wieder installieren, wobei auch mal Fehler auftreten können.
Die GUi Mods sollten iegentlich lieber so früh wie möglich installiert werden, das ist dann wichtig, wenn Du mods installierst, die z.B. die Fähigkeitsknöpfe ändern oder an eine andere Stelle tun oder ähnliches. Wenn Du davon keine hast ist es glaube ich egal, aber die verstecken sich manchmal auch in Kitmods oder andren Mods, die Regeln überarbeiten.
Tweaks Anthology ist riesig, aber Du kannst ja die Komponenten auswählen, die Du möchtest. Ist halt etwas Geklicke, und nebenbei die readme aufzuhaben um zu wissen, was man installiert (oder eben nicht) ist empfehlenswert.
Unfinished Business ist wohl Geschmackssache. Die BG2 Version hat eine etwas freiere Ausgestaltung der Quests, also nicht nur Wiederherstellung sondern auch Vervollständigung, das kann gefallen oder auch nicht. Am besten auch hier für beide Mods (bg1ub, UB) in die Readme schauen und entscheiden.
Als Reihenfolge würde ich empfehlen: BG1NPC drauflassen (weniger Arbeit), dann EndlessBG1, bg1ub, UB, Tweaks Anthology, EET_End. Beim GUi-Mod nochmal schauen, was als Installationsreihenfolge empfohlen wird.
Helme - keine Ahnung. Ist glaube ich auch Geschmackssache.