Eine Gegenfrage: warum nicht bei BeamDog direkt kaufen? Nur interessehalber.
GOG ist noch so, dass Du (wenn Du ihren Installer nicht verwendest) ein Installationspaket runterlädst, dass Du dann offline installieren kannst. Bei Steam kann man zwar auch offline spielen, aber bei GOG sind bzw. waren zumindest bisher die Spiele "wirklich" offline zu haben.
BeamDog selbst toleriert das Installieren auf mehreren Geräten (auch explizit mal im Forum gesagt, dass das ok ist, unter der Annahme, dass man nicht seine Freunde damit versorgt..), wie pingelig Steam da ist, weiß ich nicht. Mit dem Installationspaket von GOG sollte das auch möglich sein.
Zwei Hinweise gleich mal vorweg: Die Erweiterung Siege of Dragenspear (für EET notwendig) kannst Du nur von dem Anbieter dazukaufen, bei dem Du auch BG:EE bezogen hast.
Für das Installieren der EET ist es dann egal, woher Du BG:EE(SoD) und BGII:EE hast, solange die Spiele auf der aktuellsten Version sind.
Zum Modden sowieso immer den Spieleordner erstmal von C:Programme woanders hin kopieren und diese Spielkopie modden. Verwirrt Windows nicht so und schützt Dein Spiel vor automatischen Updates, während Du ein gemoddetes Spiel spielst. Diese kopierten Spieleordner ist eventuell auch eine Lösung zu Deiner Frage mit den mehreren Rechnern. Ich habe die BG:EE-Installation von meinem Rechner auf meinen Laptop kopiert und kann es dort spielen (von BeamDog gekauft). Ob das mit der Steamversion so möglich ist, müsste jemand anderes beantworten.
Bei SoD von GOG oder Steam musst Du vor dem Installieren von Mods erst einmal den
DLC Merger installieren. Bei SoD von BeamDog direkt ist das nicht nötig.